تنها یک ماه پیش از برگزاری انتخابات در زمانی که موج مردمی برای دعوت از هاشمی شکل گرفته بود، سیدمحمد خامنه ای، برادر رهبری با ادعای وجود سناریویی پیچیده از سوی دشمنان انقلاب برای ایجاد فتنه جدید در انتخابات ریاست جمهوری ۹۲ ،آن را حول محور نامزدی آیت الله هاشمی رفسنجانی دانست و مدعی شد که آنها شخصی را مطرح می کنند که امکان بیشتری برای شرکت و گردآوری رأی داشته باشد و از منظر فکری نزدیکی بیشتری با آن ها داشته باشد. آن طور که از شواهد برمی آید،احتمالاً آقای هاشمی رفسنجانی بهترین فرد برای این برنامه است و فرقی نمی‌کند که وی از عمق این توطئه آگاه باشد یا نباشد.
سید محمد خامنه ای در یادداشتی که در فارس منتشر شد درخواست برگزاری انتخابات آزاد را آغاز حمله تبلیغاتی و جوسازی علیه حکومت و نظام و در حکم شیپور جنگ دانسته و گفت: متأسفانه شبیه این عبارت (یعنی لزوم سلامت انتخابات) هم پیش از انتخابات سال ۸۸ به وسیله کسانی که هنوز هم در صف مقامات نظام می‌ایستند، اظهار شده است.
هر چند برادر رهبری حضور رسانه ای زیادی ندارد، اما طی این مدت برای دومین بار است که فارس میزبان سخنان اوست. وی که به مناسبت نیمه شعبان از این خبرگزاری نزدیک به نیروهای امنیتی دیدار می کرد، خطاب به کارکنان خبرگزاری گفته است: شما نقش مهمی دارید و باید قدر خود را بدانید، ارزش‌های اجتماعی هر کس در نقش‌هایی است که پذیرفته‌اند و اهمیت کار شما بسیار قیمتی و پر‌ارزش است.
وی که گویی از شهرت خبرگزاری فارس در انتشار اخبار غیرموثق و نادرست اطلاعی ندارد، در ادامه افزود: این خبرگزاری همانگونه که بیان کردند با همت، صداقت، ایمان و اراده، نسبت به تعهدات الهی و ملّی شکل گرفته و کوشش کرده تا جایگاه رفیع در جامعه و بین‌الملل پیدا کند و توانسته اطمینان نظر مردم را جلب کند و دنیا هم به او اطمینان کرده است.
رئیس بنیاد حکمت اسلامی صدرا با اشاره به نقش رسانه های در میان افکار عمومی ادعا کرد: البته نه فقط جوانان گول می‌خورند بلکه حتی عده‌ای نیز از مردم دیگر هستند که تفکراتشان نیازمند اصلاح است و حتی برای اصلاح اینها باید زمان بیشتری صرف کرد.
وی در ادامه با اشاره به حضور پرشکوه مردم در انتخابات اخیر یادآور شد: خوشبختانه تحولاتی که در این دوره انتخابات اتفاق افتاد و رسانه‌ای شد، از عظمت و شکوه مردم ایران در این دوره چهر‌ه‌ای در مجامع بین‌المللی نشان داد که دیگران را حیر‌ت‌زده کرد، البته خودمان شاید متوجه عمق موضوع نباشیم.
خامنه‌ای بدون اشاره به سخنان انتخاباتی خود در خصوص هاشمی رفسنجانی و عامل دشمن خواندن آن، گفت: خوشبختانه انتخابات خوبی بود و هر کسی نامزد مورد نظر خود را انتخاب کرد ولی گردش کار نشان می‌دهد که مصلحت چه بوده و هر چه مقدر باشد، همان می‌شود؛ انتخاب یک شخص روحانی با وجود اینکه خیلی‌ها اعتقاد داشتند کار روحانیت دیگر تمام شده، نشان می‌دهد که مردم به روحانیت اعتماد دارند.
برادر رهبری که طی هشت سال گذشته از حامیان دولت نهم و دهم بود و سخنی از مشارکت سایر گروه ها نکرده بود، حال از رییس جمهوری منتخب خواسته است با همه جناح‌ها یکسان همکاری کند.
خامنه‌ای ادامه داد: متاسفانه تا کنون آنگونه که باید، مسئولان کشوری از ابتدای انقلاب با یکدیگر هماهنگی لازم را نداشته‌اند، اقتصاد معلول شده و آموزش ناقص است و نهادهای دیگر نیز در حوزه قوای سه‌گانه با یکدیگر وحدت ندارند و دارای نقایصی هستند؛ باید بدانیم که کشور همچون یک خانواده است که نباید بر سر میراث با یکدیگر جنگ کنند، بلکه باید همیشه حامی یکدیگر باشند و اختلافات را به حداقل برسانند.
وی با تاکید بر اینکه در جمع عقلا اختلاف رخ نمی‌دهد، گفت: این اختلافات سیاسی یا سلیقه‌ای در میان ملت انشعاب ایجاد می‌کند در صورتی که باید یک خط درست اندیشه‌ای را معیار قرار داد و بر اساس آن جریانات و نقشه راه مشخص شود، حیف است که در این ملت تفرقه بیفتد چون استقلال کشور در خطر می‌افتد.
خامنه‌ای مدعی شد: آسیبی که امروز در کشور مشاهده می‌شود نود درصد آسیب‌های فرهنگی است، دفاع از آن هم با کار فرهنگی و فلسفی و مؤسسات فلسفی است. می‌گویند که در این موسسات فرهنگی و فلسفی نشسته چکار می‌کنند؟ این فلسفه آب و نان برای مردم نمی‌شود. اما باید به اینها گفت که امروز دشمن با فلسفه به جنگ آمده، باید بتوانیم با فلسفه سالم جلوی این فلسفه بافی‌ها و انحرافها را بگیریم پس ما نیاز به فلسفه داریم.
رئیس بنیاد حکمت اسلامی صدرا ادامه داد: باید مسئولان جریان‌شناس باشند و از اصول اولیه یک رسانه نیز جریان‌شناسی یا به تعبیر دیگر دشمن‌شناسی است قرآن به اندازه‌ای که بر دشمن‌شناسی تاکید کرده و شیطان را نخستین دشمن انسان دانسته بر هیچ چیزی تاکید نکرده است و پس از آن نیز به دشمنی یهود اشاره دارد که امروزه ما هنوز هم گرفتار صهیونیسم یهود هستیم منتها این عناوین متعدد است و در قالب کشورهای مختلف غربی.
وی در ادامه افزود: خطری که من امروز در کشور احساس می کنم خطر فرهنگی است و روش‌های تهاجم فرهنگی با سرعت تغییر می‌کند در همین مقطع اخیر چقدر روش‌ها تغییر کرده بود ما نباید همیشه نگاهمان به یک سمت و سو باشد بنابراین آسیب‌شناسی عمده ما باید آسیب‌شناسی فرهنگی باشد و من نگران هستم و کار هم یک کار سازمانی و جمعی است و با یک واحد فرهنگی هدف حاصل نمی‌شود بلکه باید دولت و مسؤلین با یکدیگر کار کنند نهادهایی چون شورای عالی انقلاب فرهنگی، سازمان تبلیغات و وزارتهای مربوط فرهنگی و حتی صدا و سیما موثر هستند.
