علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، صبح چهارشنبه (۱۰ آبان / ۳۱ اکتبر) در دیدار با جمعی از دانش‌آموزان و دانشجویان سخنانی در انتقاد از علنی کردن اختلاف‌های میان مسئولان کشور ایراد کرد. او در سخنرانی خود کسانی که اختلافات درونی مقام‌های عالی‌رتبه را آشکار سازند را خائن به کشور خواند.
پس از انتشار سخنان روز چهارشنبه خامنه‌ای، صادق آملی لاریجانی، رئیس قوه قضائیه، پیام رهبر جمهوری اسلامی را "وحدت‌بخش" خواند و مهر تأیید بر آن نهاد.
همچنین برادر او، علی لاریجانی، رئیس قوه مقننه، در نامه‌ای خطاب به رهبر "رهنمودهای ناصحانه و خیرخواهانه" وی را "در باب توجه به حساسیت شرایط کشور ارزشمند، سنجیده و به موقع" و رعایت آن را برای "ایجاد فضای وحدت" واجب دانست.
علی لاریجانی همچنین در نامه خود نوشت: «اینجانب به نمایندگی از هیأت رئیسه و نمایندگان محترم ملت تمامی تلاش خود را با عنایت به اندرزهای مشفقانه جنابعالی در انجام وظایف مجلس، جهت تحقق مصالح ملت به خصوص در جهت رونق تولید ملی و کنترل تورم و افزایش اشتغال به کار خواهیم بست.»
ناظران سیاسی سخنان خامنه‌ای را در واکنش به مشاجره اخیر میان محمود احمدی‌نژاد، رئیس‌جمهور، و صادق لاریجانی، رئیس قوه قضائیه، می‌دانند و می‌گویند که اشاره رهبر جمهوری اسلامی به نامه سرگشاده احمدی‌نژاد است که در آن بخش‌هایی از یک نامه "خیلی محرمانه" صادق لاریجانی، رئیس قوه قضائیه را علنی کرد. در پی آن صادق لاریجانی نامه‌ای به احمدی‌نژاد نوشت که متن آن در سایت قوه قضائیه منتشر شد.اگر چه در این نامه‌ها قصد احمدی‌نژاد برای بازدید از زندان اوین و نظر مخالف رئیس قوه قضائیه مورد بحث بود، اما به نظر می‌رسد که اختلاف‌های بیان شده در این نامه‌ها بسیار عمیق‌تر باشد. احمدی‌نژاد در نامه خود به رئیس قوه قضائیه نوشته بود که قصد سرکشی از زندان و برخی دادگاه‌ها را دارد و از این طریق می‌خواهد نحوه اجرای قانون اساسی و "رعایت حقوق اساسی ملت" را بررسی کند.
صادق لاریجانی در پاسخ او را متهم کرده بود که دارای "رفتارهای نامتعارف" است و در امور قوه قضائيه "دخالت بیجا و خارج از حدود قانونی" می‌کند. لاریجانی همچنین نوشته بود که جلوی بازدید بدون هماهنگی احمدی‌نژاد از اوین گرفته خواهد شد.
از بهار سال ۱۳۹۰ اختلاف میان خامنه‌ای و احمدی‌نژاد بر سر برکناری و ابقای وزیر اطلاعات آشکار شد
پیش از این مشاجره نیز خامنه‌ای حین سفر به خراسان (۲۴ مهر / ۱۵ اکتبر) از مسئولان خواسته بود، آرامش سیاسی کشور را در چند ماهی که به انتخابات مانده حفظ کنند. دومین هشدار خامنه‌ای در عرض دو هفته در حالی داده شده که اختلاف‌های میان احمدی‌نژاد با مجلس و قوه قضائيه به شدیدترین و آشکارترین حد خود در هفت سال اخیر رسیده است.
از بهار سال گذشته اختلاف میان خامنه‌ای و احمدی‌نژاد بر سر برکناری و ابقای وزیر اطلاعات آشکار شد. از آن پس فشار بر نزدیکان احمدی‌نژاد افزایش یافت. علی اکبر جوانفکر، مشاور مطبوعاتی احمدی‌نژاد، از شهریور ماه در حبس است و احتمال دارد که دومین طرح سؤال از رئیس‌جمهور در روزهای آینده در مجلس به جریان بیفتد.
"احمدی‌نژاد مسئول اصلی علنی شدن اختلاف‌هاست"
سایت اینترنتی "بازتاب" می‌نویسد که برادران لاریجانی کوشیده‌اند نشان دهند که قصد آشکار کردن اختلاف‌های درون حکومت را ندارند. این سایت می‌نویسد که صادق لاریجانی برای مثال پیش از این پاسخ احمدی‌نژاد را در نامه‌ای "محرمانه" داده بود. بازتاب می‌افزاید: «برادران لاریجانی با عملکرد قبلی خود و نامه‌های دیشب، در صددند به رهبری و افکار عمومی نشان دهند آنها به دنبال علنی کردن اختلافات نیستند و این شیوه شخص دیگری است.» این سایت معتقد است که "خطاب اصلی رهبری نیز با احمدی‌نژاد بوده" و خامنه‌ای "با رعایت مصالح، هشدار خود را کلی و خطاب به سران قوا" مطرح کرده است.
به گزارش خبرگزاری مهر، مصطفی پورمحمدی، رئیس سازمان بازرسی کل کشور، نیز روز پنجشنبه (۱۱ آبان / ۱ نوامبر) در کنفرانسی مطبوعاتی در واکنش به هشدار خامنه‌ای در مورد آشکار شدن مشاجره میان مسئولان و نامه‌های برادران لاریجانی به رهبر گفت: «در این مشاجره‌ها مسئولیت اصلی بر عهده کسانی است که شروع‌کننده این ماجراها هستند.»
مصطفی پورمحمدی، رئیس سازمان بازرسی کل کشور: شروع‌کننده ماجرا مسئول اصلی است
پورمحمدی گفت که رئیس قوه قضائیه "به رغم عدم میل و رغبت خود" و "فقط برای اینکه بحث نشود که این اشکالات مطرح شده وارد است" ناچار به پاسخگویی به مسائل مطرح شده از سوی رئیس‌جمهور شده است. رئیس سازمان بازرسی کل کشور در پاسخ به این پرسش که چرا رئیس‌جمهور اجازه بازدید از زندان اوین را ندارد، گفت: «باید این سؤال نیز مطرح شود که چه مسئله‌ای باعث شده که رئیس‌جمهور به فکر بازدید از زندان بیفتد.»
انتظار از احمدی‌نژاد برای نامه‌نویسی به رهبر
به گزارش خبرگزاری مهر، علاء‌الدین بروجردی، رئیس کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس، روز پنجشنبه (۱۱ آبان / ۱ نوامبر) در واکنش به هشدار رهبر جمهوری اسلامی در مورد علنی شدن اختلاف‌های مسئولان جمهوری اسلامی گفت، تعبیر خامنه‌ای در مورد "خیانت بودن اختلاف‌افکنی" در کشور را "بسیار مهم و دقیق" می‌داند.
بروجردی با تأیید عمل نامه‌نویسی برادران لاریجانی به خامنه‌ای و تاکید آنان بر لزوم "حفظ وحدت" گفت: «هم اکنون افکار عمومی منتظر این است که رئیس جمهور نیز به عنوان رئیس قوه مجریه کار مشابهی را انجام دهد.» و نامه‌ای را خطاب به رهبر بنویسد تا "انسجام در سطح سران قوا" دیده شود.
علاء‌الدین بروجردی، رئیس کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس: زمینه برای پس گرفتن سؤال از رئیس‌جمهور آماده است
پیشنهاد پس گرفتن سؤال از رئیس جمهور
علاء‌الدین بروجردی،عضو هیأت رئیسه فراکسیون "رهروان ولایت"، در عین حال در گفت‌وگو با خبرنگار مهر در مورد "پس گرفتن سؤال از رئیس‌جمهور با توجه به لزوم وحدت در کشور" سخن گفت. وی در این باره گفت: «بنده فکر می‌کنم به سمت لغو سؤال از رئیس جمهور پیش برویم؛ چرا که بنده از ابتدا هم معتقد بودم سؤالاتی که از رئیس جمهور مطرح است باید در جلسات مشترک و با نمایندگان سؤال‌کننده در جلسه مشترک با آقای رئیس جمهور مطرح کنند.»
رئيس کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس همچنین اشاره کرد به اینکه تریبون مجلس "یک تریبون باز جهانی" است و نباید به گونه‌ای عمل کرد که "دشمن از آن سوء‌استفاده کند". علاء‌الدین بروجردی افزود که معتقد است با توجه به سخنان آیت‌الله خامنه‌ای "زمینه برای پس گرفتن سؤال از رئیس‌جمهور آماده است".
احمدی‌نژاد پیش از این در تاریخ یازدهم مهر ماه در یک کنفرانس مطبوعاتی از قوه قضائیه، نظامیان، مجلس، رادیو و تلویزیون و بسیاری از رسانه‌ها به عنوان عاملان تخریب دولت و بحران‌آفرینی نام برده بود. روز هشتم مهر ماه خبرگزاری مهر به نقل از حسین‌علی حاجی دلیگانی، عضو شورای مرکزی فراکسیون اصولگرایان، نوشت که احمدی‌نژاد از طرح سؤال از رئیس‌جمهور استقبال می‌کند، چون آن را فرصتی می‌داند تا "حرفهای نگفته" را در مجلس بیان کند.
