مشاور امور بین‌الملل علی خامنه‌ای می‌گوید هاشمی رفسنجانی در ناآرامی‌های سال ۱۳۸۸ "رهبری را تنها گذاشت". علی اکبر ولایتی همچنین از "مأموریت‌های ویژه‌ای" سخن رانده که علی خامنه‌ای در سال‌های اخیر به وی محول کرده است.
علی اکبر ولایتی، مشاور امور بین‌الملل آیت‌الله خامنه‌ای معتقد است که اکبر هاشمی رفسنجانی در رخدادهای پس از انتخابات ریاست جمهوری دهم "موضعی که باید در برابر فتنه می‌گرفت، نگرفت".
وی که خود در انتخابات ریاست جمهوری پیش رو نامزد شده، شامگاه شنبه (۱۱ مه/ ۲۱ اردیبهشت) در "جمع دانشجویان دانشگاه امام صادق" گفت: «وی [هاشمی رفسنجانی] در آن شرایط رهبری را تنها گذاشت و همراهی نکرد».علی اکبر ولایتی در کابینه اکبر هاشمی رفسنجانی وزیر امور خارجه بود و پس از آن به‌عنوان مشاور علی خامنه‌ای در امور بین‌الملل مشغول به کار شد. وی در کنار محمد باقر قالیباف، شهردار تهران، و غلامعلی حداد عادل، نماینده مجلس شورای اسلامی، عضو ائتلاف سه‌گانه‌ای است که نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی برشمرده می‌شود.
موضع‌گیری چندی پیش ولایتی در مورد "نقش هاشمی رفسنجانی در فتنه ۸۸" نیز خبرساز شد. برخی از منابع خبری ایرانی نوشتند که ولایتی در "نشست هفتگی انصار حزب‌الله" گفته است: «[...] این که آقای هاشمی در فتنه نقش داشته معلوم است؛ هر کس که در خط و طریق رهبری است باید در فتنه موضع‌می‌گرفت، آن روز بعضی‌ها فکر می‌کردند که کار تمام شد ولی مردم آمدند و نشان دادند کار تمام نشده و آن‌روز، روز امتحان بود.»
منابع عموما نزدیک به جریان موسوم به اصولگرا این سخنان را به "نقش‌آفرینی رفسنجانی" در ناآرامی‌های سال ۱۳۸۸ تعبیر کردند. ولایتی اندکی بعد تصریح کرد: «هیچ گاه نگفته‌ام هاشمی در فتنه ۸۸ نقش داشته است و این موضوع را تکذیب می‌کنم [...] هر کس که این موضوع را طرف من نقل کرده مقصد خاصی داشته تا منشاء یک گفتگوی بی‌پایه باشد».
تلاش برای کنارزدن "زاویه‌داران با رهبری"
ولایتی در بخشی از سخنان شامگاه شنبه خود گفته است: «به هیچ وجه از عزم خود کوتاه نمی‌آییم و تصمیم گرفته‌ایم نگذاریم آنهایی که با رهبری نظام زاویه دارند امور کشور را به دست بگیرند».
اسفندیاررحیم مشایی در ساعات پایانی مهلت ثبت نام به همراه محمود احمدی‌نژاد و برخی از وزیران کابینه او به وزارت کشور رفت
اسحاق جهانگیری، وزیر صنایع کابینه محمد خاتمی، پیش از آغاز مهلت ثبت‌نام نامزدهای انتخابات ۲۴ خرداد از دیدار خود با آیت‌الله خامنه‌ای خبر داده بود. پایگاه اینترنتی "سحام نیوز" نوشته بود که علی خامنه‌ای در این دیدار به جهانگیری گفته است که با "فتنه‌گران مشکل دارد" و مسببان حوادث سال ۱۳۸۸ را "نمی‌توان در چارچوب نظام پذیرفت".
هاشمی رفسنجانی تا کنون بارها از سوی نزدیکان علی خامنه‌ای به‌عنوان "حامی فتنه" و مصداق "خواص بی‌بصیرت" معرفی شده است. مهدی هاشمی، فرزند او، نیز به "حمایت از فتنه" متهم می‌شود.
از سوی دیگر برخی از جریان‌های جناح اصولگرا معتقدند که "فتنه" جدیدی در انتخابات پیش رو رقم خواهد خورد؛ "فتنه"ای که ادعا می‌شود نزدیکان محمود احمدی‌نژاد – جریان انحرافی – منشا آن هستند.
ولایتی با اشاره به رخدادهای ساعات پایان ثبت نام نامزدهای انتخابات (عصر شنبه) افزوده است: «همان‌طور که دیدید هر کس در دولت بود امروز برای ثبت نام آمده بود و فکر می‌کنیم همه اتفاقات هدایت شده است. صحنه تا امروز برای ما کاملا روشن نبود و فکر نمی‌کردیم نیم ساعت آخر ثبت نام چنین هجومی شود».
ولایتی معتقد است که اصولگرایان باید "به انسجام برسند" تا امکان اداره امور "تحت مدیریت رهبر انقلاب" فراهم شود. به زعم وی، «باید طوری برنامه‌ریزی کنیم تا در مقابل دو طیفی که به تمام امکانات داخلی و خارجی مجهزند پیروز شویم و سعی خواهیم کرد تا جایی که می‌شود اصولگرایان را دور هم جمع کنیم».
"مأموریت‌های ویژه" خامنه‌ای به ولایتی
علی اکبر ولایتی شامگاه شنبه رهبر جمهوری اسلامی را "تصمیم‌گیر اصلی" در پرونده هسته‌ای جمهوری اسلامی دانست: «ایشان مسئله هسته‌ای را از دست برخی بازیگران سیاسی نجات دادند».
وی هجدهم فروردین‌ماه نیز گفته بود که توقف غنی‌سازی اورانیوم در دوران ریاست جمهوری محمد خاتمی و از سرگیری این فعالیت‌ها در دوران احمدی‌نژاد نه تنها با تائید علی خامنه‌ای که "تدبیر" او بوده است.
علی اکبر ولایتی هم در دولت اکبر هاشمی رفسنجانی حضور داشت و هم همکار از در مجمع تشخیص مصلحت نظام جمهوری اسلامی است
به نوشته منابع خبری داخلی، علی اکبر ولایتی در سخنان شامگاه شنبه به صورت "سربسته" به برخی از خاطرات خود اشاره کرده است: «در مدتی که خدمت رهبر انقلاب هستم، چند ماموریت از این نوع انجام داده‌ام که برخی مواقع تا آستانه حل قضیه نیز پیش رفته‌ایم و نشان داد اجرای تدابیر ایشان می‌تواند مسائل و تحریم‌ها را حل کند».
ولایتی به جزئیات بیشتری در این مورد اشاره نکرده است. در زمستان گذشته اخباری در مورد مذاکره مستقیم جمهوری اسلامی با آمریکا منتشر شد. علی خامنه‌ای روز ۲۸ بهمن‌ماه ۱۳۹۱ برای نخستین بار از "دو سه بار" مذاکره مستقیم بین ایران و آمریکا در ۱۵ سال گذشته سخن راند.
از ولایتی به‌عنوان نماینده ایران در این مذاکرات سخن به میان آمد. وی خود سفر پنهانی به آمریکا با هدف مذاکره یا مذاکره با مقام‌های ایالات متحده در عمان را تکذیب کرد.
